Ο γενικός σκοπός του ΕΚΒΥ είναι να προωθήσει την αειφορική διαχείριση των ανανεώσιμων φυσικών πόρων στην Ελλάδα και σε άλλες περιοχές της Μεσογειακής Λεκάνης και της Ευρωπαϊκής Ηπείρου.

Οι ειδικοί σκοποί είναι:
Να ενισχύει το επιστημονικό υπόβαθρο για τη φύση και τη βιοποικιλότητα, μέσω έρευνας, απογραφής, παρακολούθησης και αξιολόγησης περιοχών, οικοσυστημάτων, τύπων οικοτόπων και ειδών.
Να οργανώνει την επιστημονική πληροφορία και να διαχέει την επιστημονική γνώση.
Να προάγει την περιβαλλοντική ενημέρωση και ευαισθητοποίηση.
Να προωθεί την εκπαίδευση και την κατάρτιση σε θέματα αειφορικής διαχείρισης ανανεώσιμων φυσικών πόρων.
Να σχεδιάζει πολιτικές και μέτρα και να παρέχει υπηρεσίες σχετικές με τη διατήρηση, αειφορική διαχείριση και αποκατάσταση των οικοσυστημάτων.