Η ΕΠΑΨΥ ιδρύθηκε το 1988 με πρωτοβουλία του καθηγητή Κοινωνικής Ψυχιατρικής Στέλιου Στυλιανίδη, προτείνοντας ένα εναλλακτικό μοντέλο παροχής ψυχιατρικής φροντίδας στην κοινότητα με βάση τις αρχές της Κοινωνικής Ψυχιατρικής και της Ψυχοκοινωνικής Αποκατάστασης. Η ιστορία της ταυτίζεται με την ιστορία της ψυχιατρικής μεταρρύθμισης στην Ελλάδα και τον αγώνα για την κατάργηση των ψυχιατρικών ασύλων, την αποστιγματοποίηση της ψυχικής νόσου και τη φροντίδα των ατόμων που αντιμετωπίζουν ψυχοκοινωνικά προβλήματα με σεβασμό στα δικαιώματα και την αξιοπρέπεια τους. Ξεκίνησε με την ίδρυση του πρώτου Ξενώνα Ψυχοκοινωνικής Αποκατάστασης στην Ελλάδα το 1990 και έκτοτε εργάζεται αδιάκοπα για την παροχή ενός μοντέλου ολοκληρωμένης φροντίδας ψυχικής υγείας στην κοινότητα.

Σήμερα αποτελεί έναν από τους μεγαλύτερους μη κερδοσκοπικούς φορείς παροχής υπηρεσιών ψυχικής υγείας. Έχει τη διοικητική και επιστημονική φροντίδα 23 στεγαστικών μονάδων Ψυχοκοινωνικής Αποκατάστασης ανά την επικράτεια, 2 Κέντρων Ημέρας Διαταραχών Πρόσληψης Τροφής σε Αθήνα και Θεσσαλονίκη, 3 Κέντρων Ημέρας σε Αθηνά, Λάρισα και Τρίκαλα, 2 Μονάδων Έγκαιρης Παρέμβασης στην Ψύχωση και 5 Κινητών Μονάδων Ψυχικής Υγείας στις Κυκλάδες, στη Λάρισα, στα Τρίκαλα και στην Αθήνα.

Τα τελευταία χρόνια, διαχειρίζεται διεθνή προγράμματα σε συνεργασία με την Ύπατη Αρμοστεία του ΟΗΕ για τους πρόσφυγες, καθώς και εθνικά προγράμματα ψυχοκοινωνικής υποστήριξης για ενήλικες, νέους, εφήβους, παιδιά και τις οικογένειές τους, ενώ παρεμβαίνει καίρια σε καταστάσεις κοινωνικής και υγειονομικής κρίσης, και φυσικών καταστροφών. Διατηρεί επιστημονική συνεργασία με το Γραφείο του Παγκοσμίου Οργανισμού Υγείας στην Αθήνα και είναι μέλος των Διεθνών Δικτύων Ψυχική Υγείας Forstren και Enter.

Σε συνέπεια με τις αρχές της Κοινοτικής Ψυχιατρικής και της Ψυχοκοινωνικής Αποκατάστασης, έχει υποστηρίξει την ίδρυση και λειτουργία Κοινωνικού Συνεταιρισμού Περιορισμένης Ευθύνης (ΚΟΙΣΠΕ) στον 5ο ΤΟΨΥ Αττικής, στην Στερεά Ελλάδα και τα Τρίκαλα, καθώς και τοπικών συλλόγων ψυχικής υγείας στη Χαλκίδα, στα Βόρεια Προάστια Αττικής και τη Βοιωτία.

Πιστή στο ιδρυτικό της όραμα, η ΕΠΑΨΥ, παρεμβαίνει τακτικά με επιστημονικά άρθρα, ομιλίες και συνεντεύξεις σε μέσα πανελλαδικής εμβέλειας σχετικά με την προαγωγή της ψυχικής υγείας στην κοινότητα, την ψυχοκοινωνική αποκατάσταση και την πρόληψη ψυχοκοινωνικών προβλημάτων. Γιατί δεν υπάρχει υγεία χωρίς ψυχική υγεία και δεν υπάρχει ψυχική υγεία χωρίς ισότιμη πρόσβαση για όλους στα αγαθά και τις υπηρεσίες που εξασφαλίζουν το δικαίωμα συμμετοχής του κάθε ατόμου στη ζωή.